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Individual skill

scientific-pkg-gget

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ゲノムデータベースへのクイック検索、配列検索、BLAST スタイルの検索、エンリッチメントチェック、および再現可能なバイオインフォマティクス証拠ログのための gget CLI および Python ワークフロー。

docs/ja-JP/skills/scientific-pkg-gget/SKILL.md

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Source commit b38be6a7f6350964d59328b52f0624e1d1d552d1

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No
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Last checked
Nov 3, 2026

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Repository context

Repository stars (not skill ratings)
299,665
Repository last updated
Nov 6, 2026
License
MIT

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Files and excerpt

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# gget

`gget` CLI または Python パッケージを使用してゲノム参照データベースにわたるクイックバイオインフォマティクス検索が必要なタスクにこのスキルを使用します。

## 使用するタイミング

- Ensembl ID、遺伝子メタデータ、転写産物の詳細、または配列の検索。
- フルローカルパイプラインを構築せずにクイックな BLAST または BLAT 検索を実行。
- Ensembl から参照ゲノムリンクとアノテーションを取得。
- 単一のインターフェースを通してタンパク質構造、パスウェイ、がん、発現、または疾患関連モジュールを照会。
- Biopython、Snakemake、Nextflow、BLAST+、またはデータベース固有のクライアントなどの重いツールに移行する前に再現可能な最初の証拠ログを作成。

タスクが規制対象の臨床解釈、高スループット本番パイプライン、またはデータベースバージョンとローカルインデックスの細かい制御を必要とする場合は、`gget` の代わりに専用のワークフローを使用します。